Iðnaðarsafnið á uppruna sinn að rekja til frumkvöðulsins Jóns Arnþórssonar sem hóf markvissa söfnun iðnminja árið 1993. Upphaflega miðaðist söfnunin við að safna munum, heimildum og ljósmyndum um iðnað og verksmiðjur SÍS á Gleráreyrum en með tímanum stækkaði söfnunarsviðið og farið var að safna iðnminjum frá fleiri framleiðslufyrirtækjum á Akureyri. Þann 17. júní 1998 var Iðnaðarsafnið formlega stofnað og sýningar opnaðar í húsnæði fyrrum fataverksmiðjunnar Heklu á Gleráreyrum. Þar var safnið til húsa til ársins 2000 en þá var húsnæðið selt og Iðnaðarsafnið flutti þá í Sjafnarhúsið við Austursíðu. Safnið hafði þar til umráða um 300 fermetra sýningar- og geymslurými á 1. hæð.
Allan þennan tíma báru Jón Arnþórsson og eiginkona hans Gisela Rabe-Stephan hitann og þungann af rekstri safnsins og ráku það á eigin vegum með styrkjum frá opinberum aðilum, ýmsum sjóðum, félögum og fyrirtækjum.
Allt frá árinu 1999 voru uppi ýmsar hugmyndir um framtíðarskipan Iðnaðarsafnsins og voru m.a. uppi hugmyndir að koma á fót Atvinnusögusafni Akureyrar sem yrði deild við Minjasafnið á Akureyri og Tækniminjasafn Íslands. Iðnaðarsafnið yrði uppistaðan í slíku atvinnusögusafni. Atvinnusögusafnið átti að sýna þróun atvinnugreina í bænum á tímabilinu 1862-1962 með áherslu á atvinnulífið um miðbik 20. aldar þegar iðnframleiðsla á Akureyri stóð í hvað mestum blóma. Í framhaldi gerði Atvinnuþróunarfélag Eyjafjarðar verksamning við Jón Arnþórsson þar sem hann var fenginn til að greina umfang slíks safns, þ.e. hvaða atvinnugreinar ættu heima á slíku safni, finna því hugsanlega staðsetningu og gera stofn- og rekstraráætlun.
Árið 2001 gerðu Minjasafnið og Jón Arnþórsson með sér verksamning sem kvað á um að Jón tæki að sér skráningu á öllum þeim munum sem þá voru í Iðnaðarsafninu undir leiðsögn Minjasafnsins á Akureyri. Að þeirri skráningu lokinni voru um 400 safnmunir númeraðir og skráðir í safnskrá Iðnaðarsafnsins.
Árið 2002 var ákveðið að gera heildarúttekt á minjasöfnum og sýningum í Eyjafirði og var Sögusmiðjan fengin til verksins. Í niðurstöðuskýrslu Sögusmiðjunnar sem kom út í nóvember 2002 var m.a. fjallað um málefni Iðnaðarsafnsins og þær hugmyndir sem áður höfðu komið fram um stofnun atvinnusögusafns Akureyrar. Höfundar skýrslunnar mæltu með því að Iðnaðarsafnið yrði áfram sjálfstætt safn og rekstur þess yrði tryggður til frambúðar m.a. með samþykki safnaráðs og aðkomu Akureyrarbæjar. Árið 2002 var tekin sú ákvörðun að Iðnaðarsafnið fengi fyrrverandi áhaldahús Umhverfisdeildar á Krókeyri til umráða að loknum endurbótum á því sem skyldu miðast við starfsemi safnsins.
Þann 1. maí 2004 var safnið opnað í núverandi húsakynnum á Krókeyri. Björn G. Björnsson hannaði útlit grunnsýningar safnsins en Elínbjörg Ingólfsdóttir og Hugrún Ívarsdóttir sáu um uppsetningu. Í júní 2005 gerðu Iðnaðarsafnið og Minjasafnið með sér þjónustusamning með gildistíma til 1. júní 2007. Í honum er kveðið á um að Minjasafnið sjái um daglegan rekstur safnsins, skipulag viðburða og skammtímasýninga, safnkennslu og kynningarmál. Söfnun og skráning verði áfram á höndum forstöðumanns Iðnaðarsafnsins en með hliðsjón af söfnunarstefnu Minjasafnsins. Í samningnum er gert ráð fyrir að gerð verði söfnunarstefna fyrir Iðnaðarsafnið og lítur hún nú dagsins ljós.
Þann 20. febrúar 2005 var Hollvinafélag Iðnaðarsafnsins stofnað og árið 2006 var stofnað Hollvinafélag Húna II um leið og eikarskipið Húni II var keypt og fært safninu til umráða.
